Tijekom 1999., 2000. i 2001., zbog ozljede ramena propušta brojne turnire, pa mu opada ranking, pa je u ljeto 2001. godine bio 125. igrač svijeta. Taj plasman nije bio dovoljan da se izravno plasira na Wimbledon, pa mu organizatori dodjeljuju pozivnicu. Protivno svim očekivanjima, Ivanišević se probija do finala gdje ga je čekao Patrick Rafter. U vrlo izjednačenom finalu slavio je Goran s 6:3, 3:6, 6:3, 2:6, 9:7 i tako postao igrač s najnižim rankingom u povijesti i prvi igrač s pozivnicom koji je osvojio ovaj prestižni turnir.

Svjetski je rekorder po broju asova. U čak pet sezona, postigao ih je više od 1000, a najviše 1996. godine - 1477 asova. Samo je troje tenisača osim njega uspjelo postići više od 1000 asova u sezoni.

Završio je profesionalnu karijeru s 22 pojedinačna naslova i 9 naslova u paru.