Zastava je prihvaćena od strane Vijeća Europe 8. prosinca 1955., a izabrana je od mnogih prijedloga Arsèna Heitza kojeg je, kako je rekao inspirirala slika iz knjige Otkrivenja u Bibliji. Europska unija, koja je ustanovljena Ugovorom iz Maastrichta 1992., preuzela ju je kao svoju zastavu. Od tada zastavu koriste zajedno i Europska unija te Vijeće Europe.

Dvanaest zlatnih zvijezdica na zastavi izabrano je kao broj koji nema političkih konotacija te kao simbol savršenstva i potpunosti koji je stoljećima poznat u europskom kulturnom krugu, a povezuje se s: 12 sati na analognom satu, 12 mjeseci u godini, 12 znakova zodijaka, 12 apostola, 12 sinova Jakovljevih, 12 plemena Izraela, 12 manjih biblijskih proroka, 12 dana Božića, 12 Seutonijevih kronika Cezara, 12 bogova Olimpa, 12 Odinovih sinova, 12 knjiga Paradise Losta i Eneida, te još nekih povijesnih i religijskih značenja.